Seit einem Bergsturz im Jahre 1172 vom Königssee durch einen Moränenwall getrennt, ist der Obersee der kleine Bruder des Königssees. Von der Fischunkelalm ist der Aufstieg in die Röth oder zur Wasseralm möglich; sie ist ein beliebter Ausgangspunkt für Bergtouren ins Steinerne Meer.
Der Obersee speist über einen rund 600 m langen Wildbach, der Saletbach genannt wird, den Königssee. Auf halbem Weg zum Königssee weitet sich der Bach nach Süden zum kleinen Mittersee aus. Dieser ist bei einer Größe von nur 0,44 ha rund 110 m lang und 60 m breit. Der Wasserspiegel befindet sich auf der Höhe von 608 m ü.N.N.
Etwa 1,2 km östlich des Obersees befindet sich das Laubseelein und etwa 3 km südlich auf einer Höhe von 1816 m die Blaue Lache.
Der Obersee wird seit der Schaffung des Nationalparks Berchtesgaden am 1. August 1978 nicht mehr befischt. Heute finden sich im Obersee zahlreiche Fischarten, darunter vor allem der Seesaibling und die Seeforelle.